1、肺炎衣原体感染：
（1）实验室检查：
（1）血液检查：外周血白细胞计数多正常，重症患者可升高，血沉常增快。
（2）肺部X线检查：呈非典型肺炎表现，常表现为单个浸润灶，多位于1个肺叶(中叶或下叶)，少数患者也可为多发性及双侧性，可伴有胸膜炎或胸腔积液。
病变多于第一次X线查出后12-30日才消失。
（2）病原学检查：
（1）直接涂片：用咽拭子或自患者下呼吸道采集标本，用特异性单克隆抗体染色，检査其特异性包涵体及原体。
（2）组织培养法：可用细胞培养法培养肺炎衣原体24小时，再用肺炎衣原体特异性单克隆抗体染色，检査其特异性包涵体。
2、血清学检查：
（1）直接免疫荧光法：使用肺炎衣原体直接免疫荧光单克隆抗体试剂，可以直接检査临床涂片标本中的肺炎衣原体。
（2）免疫荧光试验：微量免疫荧光试验被广泛用于衣原体的血清学诊断和定型。
（3）补体结合试验：该实验是一种特异性强、敏感度高的经典血清学方法，被广泛应用于衣原体感染的诊断和衣原体抗原研究上。补体结合试验可用于诊断，但不能区分是哪种衣原体感染。
琼脂免疫扩散试验：琼脂免疫扩散实验是将蛋白质抗原和相应的抗体分别加在琼脂板上相应的孔中，两者互相扩散，在比例适宜处形成沉淀线，如果抗原和抗体无关，则不会产生沉淀线。
（4）PCR检测：该法检测肺炎衣原体的DNA，具有敏感性高、简便、快速等特点，且可分辨不同型衣原体感染，其特异性和敏感性均高于其他方法。
3、沙眼衣原体感染：
（1）病原学检查：
（1）涂片检测衣原体包涵体：取眼结膜刮片或宫颈拭子做涂片，下呼吸道感染患者纤维支气管镜检查时用毛刷取分泌物或灌洗液， Giemsa染色或碘染色检测胞内沙眼衣原体包涵体。
也可采用直接荧光抗体染色，方法简便快速，可用于高危人群的快速筛査，但其敏感性受人群感染率影响，阳性结果的判定带有主观性。
（2）细胞培养法：常用经放线菌处理的单层Mecoy细胞或Hela细胞进行细胞培养，再用单克隆荧光抗体染色检测其特异性包涵体，是确诊沙眼衣原体感染的重要方法，敏感性及特异性均较高。
（2）血清免疫学检查：
（1）直接免疫荧光法：是检测沙眼衣原体抗原最常用的非培养方法，采精液、尿液、直肠液或子宫内膜等标本刮片，用荧光标记的沙眼衣原体单克隆抗体检测，敏感性及特异性均较高，且方法简便快速，已广泛应用于临床。
（2）酶联免疫吸附法(ELISA)：用其多克隆或单克隆抗体抗原，敏感性及特异性均较高，且简便快速，但可与某些细菌感染有交又反应。
（3）血清特异性抗体检测：所有衣原体有共同的属抗原，用补体结合法可检测，但因感染后产生抗体滴度低难以检出，故一般不用此法诊断。
（4）分子生物学检查：原位杂交法检测：用DNA探针检测宫颈或直肠活检标本中沙眼衣原体DNA，具有很高的敏感性和特异性，可鉴别衣原体的种、型，但操作烦琐，主要用于流行病学调查。
PCR检测方法：简便、快捷，具有良好的检测敏感性和特异性，且可用于鉴定其种及血清型，可用于诊断、疗效判断及流行病学调查，此方法检出率高于其他方法，但可能存在非特异性DNA扩增而出现假阳性。
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