泌尿外科最常见的疾病是泌尿系结石，病人会发生肾脏结石、输尿管结石、膀胱结石、尿道结石等。泌尿外科还有肿瘤性疾病，如肾癌、肾盂癌、输尿管癌、膀胱癌、前列腺癌、阴茎癌、尿道癌等。
泌尿系疾病还包括泌尿系炎症性疾病，如泌尿系结核、泌尿系感染，如急性慢性肾盂肾炎、急慢性膀胱炎、急慢性前列腺炎、尿道炎等炎症性疾病。还包括泌尿外科先天性畸形，如重复肾畸形、重复输尿管畸形等。
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