我觉得你多看两遍小女孩给女主角（莫林）看自己临死前的经历的那段就会明白了
再就是最后杰克跟莫林说的那段话：你收集沉船 而我收集灵魂
个人感觉 杰克类似一个魔鬼，以那些金子为主要媒介，引诱人们做出邪恶的事，从而可以被他打上有罪的标记（就是小姑娘所谓的marked），并被取走灵魂。
那艘豪华安东尼娅-格雷扎号只是杰克的一站，当然北极勇士号（就是墨菲的船）也是其中的一个。
杰克先是带着金子出现在此前一个名字未表的即将沉没的船上，被华安东尼娅-格雷扎号救起（这部分参见安东尼娅-格雷扎号船长的鬼魂给墨菲看的照片），之后在本身就已有阴谋华安东尼娅-格雷扎号里挑唆起了阴谋外的阴谋，引发了无数人为了金钱美女欲望而使自己做出罪恶的事，从而被打上印记，取走灵魂。
其中，死去的人里还有一些无辜的人。就是[not marked]的那些。比如那个小女孩。她们的灵魂没有被取走，但却被一直困在船上。直到最后船毁了，那些灵魂才终于能够得救。（为什么船毁就能得救呢？剧情就是这么安排的，我也不理解）
而事隔很久之后，墨菲的那艘北极勇士号营救船，被心怀叵测的杰克骗到安东尼娅-格雷扎号，果然又引发了新一轮关于贪婪、欲望、恐惧的死亡。。。
而且顺便一提，北极勇士号显然不是唯一一个被杰克带去的营救船。因为安东尼娅-格雷扎号里的那些[近期]的尸体，很有可能其中有之前被杰克带去找安东尼娅-格雷扎号的其他营救船。。。
对于最后的悬念，我个人是这么理解的
虽然船毁了，但是那些marked的灵魂依然还是属于杰克的。所以也许没有被marked的人已经得救了，但是营救船的船员却没有，她们的灵魂依然属于杰克，可以被杰克控制。。。
但是说到底，幽灵船的情节里不能自圆其说的地方还是很多的，所有的涉及鬼魂的恐怖片都是这样的，从没一个能够100%的自圆其说。但是个人觉得看一部片子，不见得要能理解每一个为什么，得到自己认为的主旨就可以了。。。每个人都会从同一个故事中得到不同的东西，就像张爱玲说的 每个女人都在别人的故事里流自己的眼泪一样。。。
不太清楚LZ说不明白的到底是哪些部分，所以大致写了这一点，希望对LZ有帮助~不过还是最希望LZ不要抱着非常认真的心情去钻研恐怖片的漏洞，看电影主要还是为了娱乐啦：）
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