甲硝唑的副作用：最常见的是胃肠道反应，口服后可出现食欲不振、恶心、呕吐、腹泻、便秘、胃肠道痉挛等；也可引起念珠菌的增长，口腔内有金属异味、舌苔厚、舌炎和胃炎；也可有神经症状，如抑郁、头痛、精神错乱、周围神经病变等；也可引起霉菌性阴道炎、肠炎、过敏、荨麻疹等；少数患者会有排尿困难、膀胱炎、肢体麻木、及感觉异常；用药剂量大或延长治疗时间还可能引起癫痫发作；有时可发生短暂轻微的白细胞减少，皮疹，皮炎；上述症状都是可逆的，停药后可很快恢复。
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