硫酸庆大霉素在临床上主要用于治疗敏感革兰阴性杆菌引起的各种感染性疾病，比如败血症、肠道感染、盆腔感染、腹腔感染、下呼吸道感染、皮肤软组织感染、复杂性尿路感染等。
也可以用于治疗敏感细菌引起的中枢神经系统感染，比如脑室炎、脑膜炎。缓释制剂可以用于治疗轻型急性肠炎、慢性胃炎。硫酸庆大霉素滴眼液可以用于治疗眼睑炎、角膜炎、结膜炎等。
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