上集：太阳旗
其中，上集以象征日本的《太阳旗》为名，由1895年日军占领台湾开始，演至1930年雾社冲突，并酝酿着眼于雾社公学校事件爆发前后的描述。 昭和5年10月27日（西元1930年），台湾总督府为纪念北白川宫能久亲王薨去，而举行台湾神社祭，雾社地区则照例举行联合运动会。当联合运动会开幕，所有日人、警察及其眷属齐聚公学校之际，赛德克雾社群之马赫坡、荷戈、波亚伦、斯库、罗多夫、塔罗湾等六部落赛德克族人，由雾社群马赫坡社头目莫那·鲁道率领发难。 当日清晨，雾社公学校（现今台电万大电厂雾社分部）运动会，由能高郡守小笠敬太郎主持开幕典礼，其他日本人都前来观礼，这时候预先埋伏的塞德克勇士，在莫那·鲁道攻击号令下，立刻展开猛烈的突袭，在一阵毫无预警的混战中，将运动场内134位日人一一撂倒砍杀。 另一方面，莫那·鲁道命令次子巴索·莫那（Baso Mona）潜入马赫坡山取材地、袭击日警，并命长子达多·莫那（Tado Mona）潜入马赫坡社警察驻在所，亦将日警及其眷属全数格毙。后分成数队，切断日人对外的所有电话线路，陆续袭击各部落之警察驻在所，掳擭弹药、枪械。借此向雾社地区的各个部落宣告，反暴统治之圣战已经开打，终致纷纷群起向应。 在震惊愤怒之余，日军旋即调度派遣驻扎台中、花莲的步兵与警力，区分两路向雾社方面挺进；莫那·鲁道率领族人抗敌缠斗、辗转退守马赫坡石窟。一场双方分别为了资源与报复围剿、祖灵与灵魂尊严的异族战端，就此揭开序幕……
下集：彩虹桥
下集《彩虹桥》则进一步描述日军大队兵力进犯，与莫那·鲁道带领赛德克族浴血抵抗的过程，并深入刻画族人从容牺牲后，越过彩虹桥回归祖灵的故事。 接续上集赛德克族发动公学校冲突事件，致使日人遭遇殖民占领以来最大的统治危机后，日本驻台陆军少将镰田弥彦衔命调动高达三千名以上的军警，挟以山炮、机枪等优势武力，联合前往雾社讨伐。 另一方面，原先对部落友善的巡查小岛源治，也因自己的妻儿在运动场上死于非命，愤怒痛苦地完全失去理智，而强迫莫那·鲁道的世仇、屯巴拉社头目铁木·瓦力斯出兵，协助日人打这场毫不擅长的山区游击战。 然而，世代山居的赛德克族熟悉当地绝壁地势，导致增援的日军部队始终久攻不下，伤亡无数。眼看清剿不力，日军于是改以派遣飞机投掷毒气弹，形成了原住民以猎枪、柴刀、木棍等原始武器，对抗飞机、大炮的局势。经过近一个月的激烈对峙，抗日族人死伤惨重；赛德克妇女此时也为了使自己孩子、丈夫无后顾之忧，于是纷纷先行上吊自缢；残存的男人们则在脸孔纹上赛德克记号，誓死抵抗、宁死不屈。 原本发誓要一天拿下雾社的镰田弥彦，至此也不得不衷心佩服莫那·鲁道的骁勇善战，深深感叹：“三百名战士抵抗数千名大军，不战死便自尽……为何我会在这遥远的台湾山区见到我们已经消失百年的武士精神？……是这里的樱花开得太艳红了吗？” 为了灵魂自由，不惧牺牲战死的赛德克族人与勇士，越过彩虹桥、回归祖灵的旅程也于焉展开……
标签：完整版,彩虹桥,太阳旗
