圣杯战争由爱茵兹贝伦、间桐与远坂共同发起，爱因兹贝伦与间桐抵达日本，与远坂一同进行圣杯战争的准备。爱茵兹贝伦、间桐与远坂合称圣杯战争御三家，是冬木圣杯战争的策划者。代表人物为远坂永人、间桐佐尔根、羽斯缇萨。御三家花费10年进行准备，三者各司其职，由远坂提供土地，间桐设计令咒，爱茵兹贝伦则负责系统规划，魔导元帅泽尔里奇作为见证人观看了大圣杯的创造。冬之圣女献身成为大圣杯中枢，直至第5届圣杯战争虽然仍坐镇其内，但灵魂早已升华。
第一次圣杯战争严格来说，本次尚未发展到足以被称之为战争的程度，绝大多数都是单纯在进行圣杯的启动仪式，以及御三家之间产生的内哄。圣杯系统若要完整启用，就需要7明英灵的灵魂作为燃料。对此御三家的计画是以能够了解圣杯是如何启动并见证奇迹为奖励，从外部招揽4名魔术师，并与他们一同实行英灵召唤，借此达成所需的数量。在原本的预想里，作为合作者的外来魔术师在召唤出从者后，基本上就没他们的事了，圣杯系统将由御三家来运用，但过程中他们发现圣杯的使用权只有1份，因此便废除了一半的盟约，规定只要圣杯降临，彼此就转为敌对关系。御三家的同盟破裂，导致外来魔术师也得到了机会，最终演变成只要成为胜者，不论什么来历都能获得圣杯的使用权。结果由于令咒系统尚未实装导致从者不服指令等问题，仪式尚未形成就以失败告终。
第二次圣杯战争基于第一次时点情势已有所变化，御三家为了在推展仪式的同时，也能有效率的排除其他御主，决定将其正式转变为七组主从相互竞争的圣杯战争，并制定相关规则。爱因兹贝伦于此次战斗头一轮就败退 可谓给家族丢尽了老脸 。虽然令咒系统已完成并实装，御主可随意役使英灵，但仪式最后仍旧失败，参战者也全灭，随后幕后黑手御三家都对魔术协会极力隐瞒圣杯战争的存在。
第三次圣杯战争鉴于第二次参战者全数阵亡的情况，御三家于本次订定了更加详尽的规则，具体而言就是第三方势力的介入，也就是圣堂教会 。虽然圣杯系统是以魔术的原理构成，跟教会定义中的圣遗物有着本质上的区别，但既然是以圣杯为名，与宗教有密切关联的圣堂教会自然不能置身事外，于是御三家便趁机以可以监视圣杯去向为名，请他们派遣人员担任监督者，同时也强固圣杯战争的稳定性。爱因兹贝伦以异国经典为触媒召唤Avenger，但在第一轮就被击败（ 再一次给家族丢尽了老脸 ）。Avenger作为战败从者被小圣杯回收，却因其特异性质而造成大圣杯的污染。本届最终因小圣杯在战斗过程中遭到破坏而作废，但安格拉曼纽对大圣杯造成的影响已无法改变。往后的战争中即便决出胜者并让其实现愿望，愿望也都会以负面的方向诠释，御三家实际上最大的操控者爱因兹贝伦在三次圣杯战争后损失惨重。
第四次圣杯战争正如Zero那样，由卫宫切嗣、言峰绮礼、远坂时臣等人参加的战斗。监督者璃正于本次死亡，监督者由其子同样隶属教会的言峰绮礼代替，此外吉尔伽美什淋到圣杯黑泥而受肉。第1至3届圣杯战争所用的小圣杯，全都是具有圣遗物能力的器物，但基于第3次小圣杯中途毁损导致前功尽弃的经验，爱因兹贝伦便从本次开始，将小圣杯转为能够自我管理的型态，也就是所谓人造人，而本次的小圣杯即爱丽斯菲尔冯爱因兹贝伦（ 但是愿望最后依旧没有实现悲催的爱因兹贝伦 ）。最终圣杯判定卫宫切嗣为胜者，但他以令咒强迫从者破坏小圣杯，致使仪式失败，而其想要拯救世界的愿望被以负面的方式诠释，从而引发冬木大火。
第五次也是最后的正统圣杯战争，参战者在冬木市展开了无与伦比的激战，也发生许多如监督者取代原本的参加者成为御主、前次某从者留存至本次甚至也参与进来等不测事态。和前几次战争都不同，本次战争有两个小圣杯，分别是伊莉雅和间桐樱。前者作为爱因兹贝伦的人造人自不必说，后者则是间桐脏砚以第四次最后获得的圣杯碎片为触媒生出特殊刻印虫，并埋入樱体内培养的结果。不过间桐樱有发挥机能的场合只有在HF路线，拥有三种路线的第五次圣杯战争，其最终结果自然也各自不同，而作者蘑菇并未言明哪一条路线是才是真正的第四次后续，因而无法做出明确的总结，当然胜利者依旧不是爱因兹贝伦。
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