甲氨蝶呤的不良反应主要涉及胃肠道刺激，肝功能损害，骨髓移植以及肾功能损害。口服甲氨蝶呤可以引起口腔炎，口唇溃疡，咽喉炎，恶心，呕吐，腹痛，腹泻，消化道出血，食欲减退等症状。
甲氨蝶呤可以造成黄疸，转氨酶的升高等肝功能损害，因此，用药期间，请监测肝功能，大剂量应用时，还可能出现血尿，蛋白尿，少尿等肾功能损害。服药期间如果出现贫血或者出血症状，患者应立即停药，并到当地医疗机构就诊。
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