年底双薪可以按照年综合所得来计算个人所得税，即把年底的双薪和年度工资算入年综合所得，按照年综合所得减去起征线减去专项附加扣除减去社保扣除再乘税率来计算应缴纳的个人所得税。
对职工在同一个月内取得全年一次性奖金和年终双薪，应将所取得的双薪与全年一次性奖金合并后，计算征收个人所得税，即先将全部所得数额除以12，按其商数并根据个人所得税法规定的税率表确定适用的税率和速算扣除数，再根据全部所得数额、适用的税率和速算扣除数，按照税法规定计算征税。
年底双薪作为企业在年底向全体员工发放的奖金，但是出勤率不良、表现不好或者有违纪行为的员工是不会获得的，所以在很大程度上刺激了员工的工作积极性。
法律依据：
《个人所得税法》
第三条
一、工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之五至百分之四十五(税率表附后)。
二、个体工商户的生产、经营所得和对企事业单位的承包经营、承租经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率(税率表附后)。
三、稿酬所得，适用比例税率，税率为百分之二十，并按应纳税额减征百分之三十。
四、劳务报酬所得，适用比例税率，税率为百分之二十。对劳务报酬所得一次收入畸高的，可以实行加成征收，具体办法由国务院规定。
五、特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
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